Net als bij de vorige twee Mercury-Atlas missies was deze derde vlucht eveneens onbemand en probeerde het Amerikaanse ruimtevaartagentschap via deze testvluchten meer te weten te komen over de technische eigenschappen van de Atlas raket en de Mercury ruimtecapsule tijdens de lancering en de korte ruimtevlucht. Deze derde Mercury-Atlas raket werd op 25 april 1961 gelanceerd van op Cape Canaveral maar wegens veiligheidsredenen werd de missie vroegtijdig afgebroken. Gelukkig functioneerde het “launch escape system” van de Mercury ruimtecapsule perfect en kon het ruimtetuig een zachte landing maken in de Atlantische Oceaan.
Lancering van de derde Mercury-Atlas raket.
Op iets meer dan 43 seconden na de lancering stelde het vluchtleidingscentrum vast dat de raket zijn vluchtprogramma en manoeuvres niet opvolgde waardoor de “range safety officer” besloot een einde te maken aan de vlucht wegens veiligheidsredenen omdat men de raket niet meer onder controle had. Ondanks dat de Atlas raket was geëxplodeerd kon de Mercury ruimtecapsule zich losmaken van de raket door het “launch escape system” waardoor de capsule door middel van kleinere raketjes zich kon losmaken van de raket en met zijn parachute een zachte landing kon maken in de Atlantische Oceaan. In totaal duurde het 7 minuten en 19 seconden eer de Mercury ruimtecapsule zich terug op aarde bevond en tijdens zijn korte missie had het onbemande ruimtetuig een hoogte bereikt van 7,2 kilometer. Nadat de Mercury ruimtecapsule werd opgevist uit de oceaan 20 minuten na de lancering werd deze opnieuw in orde gebracht waarna deze capsule nog eens gebruikt werd tijdens de Mercury-Atlas 4 testmissie.